本課依工作類型的不同，可區分為兩大組別：水保工程組及山坡地保育利用管理組。
第一組為水保工程組，專門負責本縣所屬鄉鎮各項工程，包含坡地治山防災工程、區域性保育利用公共設施、農村新生活圈規劃及建設計畫、農路維護及改善工程等之會勘、測量、設計、監造及驗收工作，以有效積極的建設來加強本縣所有山坡地的水土保持成效。